Vykdant inovatyvius pirkimus, pasiūlymai gali būti išrenkami pagal vieną iš ekonomiškai naudingiausių kriterijaus vertinimo metodų: kainą arba kainą ir (ar) sąnaudas ir kokybę arba sąnaudas (gyvavimo ciklo sąnaudas). Inovatyvaus pirkimo atveju pasiūlymus vertinti tik pagal kainą nerekomenduojama, tačiau nėra draudžiama. Kainos kriterijaus naudojimas yra tinkamas tuomet, kai yra perkami rinkoje jau egzistuojantys inovacijų produktai. Kadangi inovacijos gali būti ne tik naujovės, sukurtos pirmą kartą, tačiau ir įkvėptos kitų, jau sukurtų sprendimų, tokiu atveju, kai rinkoje jau egzistuoja panašūs sprendiniai ir (ar) produktai, pasiūlymai galėtų būti vertinami pagal mažiausios kainos kriterijų. Galutinį sprendimą, kurį iš VPĮ / PĮ numatytų pasiūlymų vertinimo kriterijų taikyti konkrečiame pirkime visuomet priima pirkimų vykdytojas, atsižvelgdamas į visas jam žinomas konkretaus pirkimo, šiuo atveju inovatyvaus pirkimo, aplinkybes.